Paket: velvet (1.2.10+dfsg1-8)

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Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde. Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im Vereinigten Königreich.

Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden, Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen Contigs zu erhalten.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu velvet

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sug: velvet-example

Example data for the Velvet sequence assembler

velvet herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	658,0 kB	1.256,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	637,2 kB	1.333,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	655,1 kB	1.459,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	638,3 kB	1.075,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	685,9 kB	1.453,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	654,7 kB	1.511,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	675,5 kB	1.632,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	667,2 kB	1.589,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	642,5 kB	1.301,0 kB	[Liste der Dateien]