Paket: disulfinder (1.2.11-12)

Vorhersage der Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Verbindungsfähigkeit

»disulfinder« soll die Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Disulfid-Verbindungsfähigkeit aus der Sequenz allein voraussagen. Disulfidbrücken spielen eine große Rolle in der Stabilisierung des Faltungsprozesses von verschiedenen Proteinen. Die Voraussage von Disulfidbrücken aus der Sequenz allein ist daher für das Studium der strukturellen und funktionalen Eigenschaften von bestimmten Proteinen nützlich. Zusätzlich kann Wissen über die Disulfidbindungen von Cysteinen bei der experimentellen Strukturbestimmung helfen und in anderen genomischen Annotationsaufgaben nützlich sein.

»disulfinder« sagt Disulfidmuster in zwei Berechnungsschritten voraus: (1) die Disulfidbindungen jedes Cysteins werden von einem binären Klassifikator (BRNN-SVM) vorausgesagt; (2) Cysteine, bei denen man weiß, dass sie an der Brückenbildung teilhaben, werden von einem rekurrenten neuronalen Netz gepaart, um ein Muster der Verbindungsfähigkeit zu erhalten.

Markierungen: Rolle: Programm

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