Paket: wise (2.4.1-23)

Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen

Wise2 wurde speziell für den Vergleich biologischer Polymere entwickelt, meist DNA- und Protein-Sequenzen. Es gibt viele andere Programme hierzu, die bekanntesten sind sicherlich das BLAST-Paket (vom NCBI) und Fasta (von Bill Pearson). Weitere sind HMMER (Sean Eddy) oder SAM (UC Santa Cruz), die sich auf Hidden-Markov-Modelle (HMMs) spezialisieren.

Wise2 hat seine besondere Stärke beim Vergleich von DNA-Sequenzen mit daraus hervorgehenden Protein-Sequenzen. Solche Vergleiche gestatten die gleichzeitige Betrachtung etwa von der Genstruktur und dem homologie-basierten Alignment.

Wise2 enthält auch andere Algorithmen, wie etwa den altehrwürdigen Smith-Waterman-Algorithmus, oder modernere wie Stephen Altschuls generalisierte gap penalties, oder sogar experimentelle, wie den selbst entwickelten dba. Die Entwicklung dieser Algorithmen wird durch die Einfachheit der Algorithmenentwicklung in der von Wise2 genutzten Umgebung ermöglicht.

Wise2 wurde auch in Hinblick auf Wiederverwendbarkeit und Programminstandhaltung entwickelt. Obwohl es ausschließlich in C geschrieben wurde, kann seine Funktionalität durch Perl angesprochen werden. Teile des Pakets (oder das gesamte Paket) können durch andere C- oder C++-Programme genutzt werden ohne Konflikte mit den Namensgebungen der Variablen, denn alle externen Variablen haben »Wise2« als Präfix.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with::TODO

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