all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: maffilter  ]

Package: maffilter (1.3.1+dfsg-6)

Links for maffilter

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package maffilter:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format

MafFilter anvender en serie af »filtre« på en MAF-fil, for at rense den, udtrække data og computerstatistik mens der holdes styr på de associerede metadata såsom genomkoordinater og kvalitetsbedømmelser.

 * Kan behandle sammenligningen for at fjerne maskerede regioner i lav
   kvalitet og/eller tvetydige.
 * Kan eksportere data i en enkel eller flere sammenligningsfiler i et
   format såsom Fasta eller clustal.
 * Kan læse annotationsdata i GFF- eller GTF-format, og udtrække den
   tilsvarende sammenligning
 * Kan udføre glidende vinduesberegninger
 * Kan rekonstruere fylogeni/slægtsforskning sammen med
   genomsammenligningen.
 * Kan beregne statistik for populationsgenetik, såsom
   stedfrekvensspektrum, antallet af faste/pymorfiske steder etc.

Other Packages Related to maffilter

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download maffilter

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
armel 222.9 kB1,179.0 kB [list of files]