Package: rsem (1.3.1+dfsg-1)

Links for rsem

Debian Resources:

Download Source Package rsem:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [deweylab.biostat.wisc.edu]

Similar packages:

RNA-Seq ved Expectation-Maximization

RSEM er en programpakke til at estimere gen- og isoform-udtryksniveauer fra RNA-Seq-data. Pakken RSEM tilbyder en brugervenlig grænseflade, understøtter tråde for parallel beregning af EM-algoritmen, single-end og paired-end læste data, kvalitetsbedømmelser, variabel-længde læsninger og RSPD-estimering. Derudover tilbydes posterior gennemsnit og 95 % troværdighedsintervalestimater for udtryksniveauer. For visualisering kan oprettes BAM- og Wigglefiler i både transcript-coordinate og genomic-coordinate. Genomic-coordinate-filer kan visualiseres af både UCSC-genombrowser og Broad Institutes Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate-filer kan visualiseres af IGV. RSEM har også sine egne skripter til at oprette transkript-læsningsdybdeplot i pdf-format. Den unikke funktion af RSEM er at læsningsdybdeplot kan stables, med læsningsdybde bidrage til unikke læsninger vist i sort og bidrag til multi-læsninger vist i rødt. Derudover kan modeller lært fra data også visualiseres. Sidst men ikke mindst kan RSEM indeholde en simulator.

Other Packages Related to rsem

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bowtie

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

or bowtie2

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libhts2 (>= 1.0)

C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: perl

Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
dep: python

Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version
dep: r-base-core

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

sug: r-bioc-ebseq

R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

Download rsem

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	35,261.3 kB	36,996.0 kB	[list of files]
arm64	35,223.1 kB	36,824.0 kB	[list of files]