Package: lucy (1.20-3)

DNA-værktøj til sekvenskvalitet og vektortrimning

Lucy er et redskab, der forbereder rå DNA-sekvensfragmenter for sekvenssamling, muligvis via TIGR Assembler. Oprydningsprocessen inkluderer kvalitetsbedømmelse, konfidenssikring, vektortrimning og vektorfjernelse. Den primære fordel i Lucy over andre lignende redskaber er at det er et fuldt integreret, uafhængigt program.

Lucy blev designet og skrevet på Institute for Genomic Research (TIGR, nu J. Craig Venter Institute), og det er blevet brugt her i flere år til at rydde op i sekvensdata fra automatiserede DNA-sekvenser før sekvenssamling og anden brug. Delen med kvalitetstrimning i Lucy gør brug af phred-kvalitetsbedømmelser, såsom dem fremstillet af mange automatiserede sekvensere baseret på Sanger-sekventeringsmetoden. Som sådan er Lucys kvalitetstrimning måske ikke egnet for sekvensdata fremstillet af nogle af de nye »næstegenerations« sekvensere.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):