Package: last-align (1179-1 and others)
Links for last-align
Debian Resources:
Download Source Package last-align:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Charles Plessy (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Nilesh Patra (QA Page)
External Resources:
- Homepage [last.cbrc.jp]
Similar packages:
sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:
* Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer. * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.
Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.
Other Packages Related to last-align
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libstdc++6 (>= 6)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: parallel
- Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt
-
- rec: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- rec: python3-pil
- Python Imaging Library - Python3
Download last-align
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1179-1+b1 | 1,826.5 kB | 21,262.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1179-1+b1 | 751.8 kB | 3,742.0 kB | [list of files] |
| armel | 1179-1+b1 | 682.4 kB | 3,778.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1179-1+b1 | 679.5 kB | 2,910.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1179-1+b1 | 3,016.0 kB | 29,262.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1179-1+b1 | 798.0 kB | 4,606.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 1179-1+b1 | 732.3 kB | 4,556.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1179-1+b1 | 843.7 kB | 4,850.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1179-1+b1 | 775.4 kB | 4,234.0 kB | [list of files] |