Package: iva (1.0.9+ds-11)

Links for iva

Debian Resources:

Download Source Package iva:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Andreas Tille (QA Page)
Jorge Soares (QA Page)
Sascha Steinbiss (QA Page)

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Iterativ virussekvensassembler

IVA er en de novo-assembler designet til at samle virusgenomer, som ikke har gentagelsessekvenser, via Illuminalæste par sekventeret fra blandede populationer ved ekstrem høj dybde.

IVA's hovedalgoritme fungerer ved iterativt at udvide config'er via justerede læste par. Dets inddata kan bare være læste par, eller du kan derudover tilbyde et eksisterende sæt af contig'er til udvidelse. Alternativt kan programmet anvende læsninger sammen med en referencesekvens.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence, Works with: Files

Other Packages Related to iva

depends

recommends

suggests

enhances

dep: default-jre-headless

Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm
dep: fastaq (>= 1.6)

Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer
dep: kmc

Tæl kmers i arvemassesekvenser
dep: mummer

Effektiv sekvensjustering for hele genomer
dep: perl

Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: python3-networkx

Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3
dep: python3-numpy

Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget
dep: python3-pysam

Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
dep: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
dep: smalt

Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

rec: bioperl

Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi
rec: r-base-core

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
rec: trimmomatic

Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

Download iva

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
arm64	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
armel	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
armhf	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
i386	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
mips64el	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
mipsel	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]
ppc64el	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[list of files]