all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: dazzdb  ]

Package: dazzdb (1.0+git20201103.8d98c37-1+deb11u1)

Links for dazzdb

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package dazzdb:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Håndter data for nukleotidsekventeringslæsning

For at lette de mange faser i Dazzler-assembleren, så bliver alle de aflæste data organiseret i, hvad der reelt er en database over læsningerne og deres metainformation. Designmålene for denne database er som følger:

 * Databasen gemmer kildeinformationerne for Pacbiolæsninger på en sådan
   måde, at de kan genskabe de oprindelige inddata, hvilket tillader,
   at en bruger kan fjerne (reelt overflødige) kildefilerne. Dermed
   undgås duplikering af de samme data, en gang i kildefilen, og en gang
   i databasen.
 * Databasen kan opbygges trinvist, der er ny sekvens
   data kan tilføjes til databasen over tid.
 * Databasen fleksibelt tillade en at gemme eventuelle alle metadata
   for læsninger. Dette opnås med begrebet *spor*, som en der
   implementerer kan tilføje efter behov.
 * Dataene holdes i en komprimeret form svarende til .dexta- og
   .dexqv-filer fra dataudtræksmodulet. Både .fasta- og
   .quiva-oplysninger for hver læsning holdes i databasen og kan være
   genskabt fra det. .quiva-oplysninger kan tilsættes separat og
   senere, hvis det ønskes.
 * For at lette parallelle job har databasen klyngedrift af faser for
   assembleren for en *nuværende partitionering* hvori alle
   læsninger, der er over en given længde og eventuelt
   unik for en brønd, er delt op i *blokke* der indeholder cirka en
   bestemt antal baser, undtagen måske den sidste blok, som kan have
   et lille antal. Ofte kan programmer køre på blokke eller blokpar
   og hver sådant job er rimeligt velafbalanceret da blokkene alle er
   af samme størrelse. Man skal være forsigtig med at ændre partitionen
   under en samling, da dette kan ugyldiggøre strukturel gyldighed
   for eventuelle mellemliggende blokbaserede resultater.

Other Packages Related to dazzdb

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download dazzdb

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 204.8 kB1,737.0 kB [list of files]
arm64 180.0 kB1,645.0 kB [list of files]
armel 181.1 kB1,659.0 kB [list of files]
armhf 180.9 kB1,219.0 kB [list of files]
i386 192.7 kB1,883.0 kB [list of files]
mips64el 161.7 kB1,773.0 kB [list of files]
mipsel 173.9 kB1,887.0 kB [list of files]
ppc64el 195.8 kB2,869.0 kB [list of files]
s390x 200.7 kB1,805.0 kB [list of files]