Package: python3-dna-jellyfish (2.3.0-10)
Links for python3-dna-jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser - Pythonbindinger for jellyfish
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Denne pakke indeholder Pythonbindingerne for jellyfish.
Other Packages Related to python3-dna-jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
- dep: python3 (<< 3.10)
- dep: python3 (>= 3.9~)
Download python3-dna-jellyfish
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 53.6 kB | 173.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 50.6 kB | 169.0 kB | [list of files] |
| armel | 52.8 kB | 166.0 kB | [list of files] |
| armhf | 53.4 kB | 138.0 kB | [list of files] |
| i386 | 60.7 kB | 178.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 52.1 kB | 191.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 56.4 kB | 237.0 kB | [list of files] |