[ Source: r-bioc-dada2 ]
Package: r-bioc-dada2 (1.18.0+dfsg-1)
Links for r-bioc-dada2
Debian Resources:
Download Source Package r-bioc-dada2:
- [r-bioc-dada2_1.18.0+dfsg-1.dsc]
- [r-bioc-dada2_1.18.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [r-bioc-dada2_1.18.0+dfsg-1.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [bioconductor.org]
Similar packages:
Prøveslutning fra amplicon-sekventeringsdata
Pakken dada2 bidrager til programarbejdsforløb for at fortolke sekventeringsdata fra mikrobiota - den relative overflod af bakteriel og/eller gær, typisk målt i tarmen. Det udleder de nøjagtige amplicon-sekvensvarianter (ASV'er) fra høj gennemløb amplicon-sekventeringsdata, erstatter den grovere og mindre nøjagtige OTU-klyngetilgang. Dada2-datakanalen bruger som datademultipleksede fastq-filer, og udlæser sekvensvarianterne og deres stikprøvemæssige mængder efter at have fjernet substitution og kimære fejl. Taksonomisk klassificering er tilgængelig via en indbygget implementering af RDP-naiv bayesiansk klassifikator og tildeling på artsniveau til 16S rRNA-genfragmenter ved nøjagtig matchning.
Other Packages Related to r-bioc-dada2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: libtbb2 (>= 2017~U7)
- parallelism library for C++ - runtime files
-
- dep: r-api-4.0
- virtual package provided by r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.12
- virtual package provided by r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.22.0)
- Generiske funktioner for Bioconductor
-
- dep: r-bioc-biostrings (>= 2.42.1)
- GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser
-
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.6.0)
- GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller
-
- dep: r-bioc-shortread (>= 1.32.0)
- GNU R - klasser og metoder for høj-gennemløb kort-læsning sekventeringsdata
-
- dep: r-bioc-xvector (>= 0.16.0)
- BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser
-
- dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.1.0)
- Implementering af Grammar of Graphics
-
- dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)
- GNU R package for Seamless R and C++ Integration
-
- dep: r-cran-rcppparallel (>= 4.3.0)
- parallel programming tools for Rcpp
-
- dep: r-cran-reshape2 (>= 1.4.1)
- Fleksibelt omdanne data - en genstart af pakken reshape
-
- sug: r-bioc-biocstyle
- Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter
-
- sug: r-cran-knitr
- GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming
-
- sug: r-cran-rmarkdown
- convert R markdown documents into a variety of formats
Download r-bioc-dada2
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 1,838.1 kB | 2,182.0 kB | [list of files] |