Пакет: shovill (1.1.0-9 и други)

Връзки за shovill

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник shovill.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads

Shovill is a pipeline which uses SPAdes at its core, but alters the steps before and after the primary assembly step to get similar results in less time. Shovill also supports other assemblers like SKESA, Velvet and Megahit, so you can take advantage of the pre- and post-processing the Shovill provides with those too.

Други пакети, свързани с shovill

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: flash

Fast Length Adjustment of SHort reads
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: lighter

fast and memory-efficient sequencing error corrector
dep: megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: pigz

Parallel Implementation of GZip
dep: pilon

automated genome assembly improvement and variant detection tool
dep: samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: seqtk

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
dep: skesa

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
dep: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets
dep: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data
dep: velvet

Nucleic acid sequence assembler for very short reads

Изтегляне на shovill

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.1.0-2	12,2 кБ	39,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.1.0-9	13,2 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.1.0-7	13,1 кБ	40,0 кБ	[списък на файловете]